Se questa fosse un'operazione una tantum farei:
use DB;
show table status name where engine='innodb';
ed esegui un copia/incolla rettangolare dalla colonna Nome:
+-----------+--------+---------+------------+-
| Name | Engine | Version | Row_format |
+-----------+--------+---------+------------+-
| countries | InnoDB | 10 | Compact |
| foo3 | InnoDB | 10 | Compact |
| foo5 | InnoDB | 10 | Compact |
| lol | InnoDB | 10 | Compact |
| people | InnoDB | 10 | Compact |
+-----------+--------+---------+------------+-
in un editor di testo e convertilo in un comando
mysqldump -u USER DB countries foo3 foo5 lol people > DUMP.sql
e quindi importare dopo aver sostituito tutte le istanze di ENGINE=InnoDB con ENGINE=MyISAM in DUMP.sql
Se vuoi evitare la magia rettangolare del copia/incolla puoi fare qualcosa come:
use information_schema;
select group_concat(table_name separator ' ') from tables
where table_schema='DB' and engine='innodb';
che restituirà countries foo3 foo5 lol people
