Come implementare questo programma per l'importazione in una tabella senza utilizzare l'istruzione INSERT INTO SELECT?

Puoi (e dovresti) includere la query di selezione del concept-id all'interno di un IN clausola:

INSERT INTO snomedinfo_data (refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                             languagecode, typeid, term, caseSignificanceid) 
    SELECT refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                    languagecode, typeid, term, caseSignificanceid 
           FROM snomed_descriptiondata 
           WHERE active = 1 AND conceptid IN 
               (SELECT cd.id FROM snomed_conceptdata cd WHERE cd.active = 1)

In questo modo dovresti essere in grado di fare tutto in un'unica istruzione che sarà di ordini di grandezza più veloce rispetto all'elaborazione degli stessi dati riga per riga (nota anche come lenta per lenta) dal driver JDBC.