Preferisco mettere ogni query più grande in un file. In questo modo puoi avere l'evidenziazione della sintassi ed è facile da caricare all'avvio del server. Per strutturare questo, di solito ho una cartella per tutte le query e all'interno di quella cartella per ogni modello.
# queries/mymodel/select.mymodel.sql
SELECT * FROM mymodel;
// in mymodel.js
const fs = require('fs');
const queries = {
select: fs.readFileSync(__dirname + '/queries/mymodel/select.mymodel.sql', 'utf8')
};