Quindi qual è il modo migliore per verificare se esiste una riga? ESISTE, COUNT o num_righe?

L'opzione 3 è il modo più veloce per verificare se esiste una riga se stai usando MySQL:

$query = mysql_query("SELECT EXISTS(SELECT 1 FROM users WHERE id = 1)")

if (mysql_result($query, 0) == 1)
    // one user, like it should be.

else 
  // do something else