Dividilo prima di sommarlo con DISTINCT. Ovviamente, è meglio normalizzare i tuoi dati (non più di 1 valore in una colonna)
SELECT
GROUP_CONCAT( DISTINCT SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(keywords, ',', n.digit+1), ',', -1)) keyword
FROM
t
INNER JOIN
(SELECT 0 digit UNION ALL SELECT 1 UNION ALL SELECT 2 UNION ALL SELECT 3 UNION ALL SELECT 4 UNION ALL SELECT 5 UNION ALL SELECT 6) n
ON LENGTH(REPLACE(keywords, ',' , '')) <= LENGTH(keywords)-n.digit
WHERE cid=28