Il problema è che store con id 1 ha due record corrispondenti in store_sub tabella, il che significa che qty il campo apparirà due volte per il negozio 1. Devi sommare le 2 tabelle separatamente nelle sottoquery e unire le versioni sommate insieme:
select t1.department, t1.sqty, t2.ssubqty
from
(select department, sum(qty) as sqty from store group by department) t1
left join
(select s2.department, s1.sum(sub_qty) as ssubqty
from store_sub s1
inner join store s2 on s1.parent_id=s2.id
group by s2.department) t2 on t1.department=t2.department
