L'esecuzione di una query mysql da phpmyadmin ha modificato solo 1 record. Ho provato ssh ma stesso problema

Nella tua query SELECT manca una clausola GROUP BY. Probabilmente intendi:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name