Questo potrebbe aiutare:
Se vuoi ignorare i valori -1 dalla media:
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, NULL)), AVG(`c`) FROM `t`;
Se vuoi considerare i valori -1 nella media:
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, 0)), AVG(`c`) FROM `t`;
Ho assunto nomi di colonne e tabelle fittizi e ho assunto la colonna b
come quello per il quale vuoi considerare solo i valori>=0. Non esitare a inserire i nomi secondo il tuo schema.