Direi che il problema è qui:
database.identifierQuoteString.mysql=none
Prova invece a impostarlo come segue:
database.identifierQuoteString.mysql=auto
In definitiva, la classe MySqlDbSupport contiene un bug. Se il database.identifierQuoteString.mysql la proprietà è impostata su none nel file delle proprietà, un campo privato denominato identifierQuoteString nella classe DbSupport è impostato su null. Il toCorrectCaseIdentifier metodo in MySqlDbSupport recupera il valore di questo campo, ma dimentica di eseguire un controllo nullo prima di passarlo a String.startsWith . Quindi otteniamo una NullPointerException.
Usando auto chiede al database la stringa virgoletta identificativa da utilizzare. Non vedo perché vorresti usare qualcosa di diverso da questo.
