È necessario aggiungere l'annotazione @JoinColumn(name ="ID Column Name") insieme all'annotazione @ManyToOne o @OneToMany come menzionato da ZaoTaoBao. Questa annotazione determina il nome della colonna che deve essere utilizzata come FK.
Fare riferimento a questo link per maggiori dettagli:http://docs .oracle.com/javaee/6/api/javax/persistence/JoinColumn.html