Sebbene UTF-8 non sia sempre 3 byte per ogni carattere, MySQL riserva 3 byte per carattere per gli indici.
Se la tua applicazione lo consente (cioè non è usata in un vincolo UNIQUE KEY), ridefinisci / ALTER la tabella per usare una chiave di prefisso della lunghezza appropriata (cioè <1000/3).
CREATE TABLE my_table....KEY my_field_20 (my_field(20));