Mysql
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Relazione molti-a-molti seleziona e ordina per

Probabilmente qualcosa di simile a questo:

SELECT
    a.person_id
FROM
    table AS a,
    table AS b
WHERE
    a.person_id = b.person_id AND
    a.favorite_id = 1 AND
    b.favorite_id = 2
ORDER BY
    ( IF( a.is_main_favorite = "y", 1, 0 )
      +
      IF( b.is_main_favorite = "y", 1, 0 ) ) DESC

A proposito:potresti voler memorizzare 1/0 invece di y/n nel database in modo da non aver bisogno della chiamata IF