->where() supporta il passaggio di qualsiasi stringa e la utilizzerà nella query, a condizione che tu passi rispettivamente un secondo e un terzo parametro di NULL e FALSE. Questo dice a CI di non sfuggire alla query.Es.
$where_query = "p.user_id = $user_id OR p.user_id IN (SELECT user_id FROM user_followers WHERE follower_id = $user_id)";
->where($where_query,NULL,FALSE);
In alternativa, puoi controllare questa libreria di sottoquery https://github.com/EllisLab/CodeIgniter/ wiki/Subquery