Php Mysql NOT IN array influisce solo sul primo risultato nell'array

Non hai bisogno del preventivo qui:

WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

Inoltre potresti ottenere lo stesso risultato in una query:

SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')