Questo perché stai facendo riferimento a EF 6 e MySQL Connector non supporta ancora EF6. Puoi eseguire il downgrade a EF 5 o ottenere MySQL Connector Alpha.
Fai questo (CONSERVA UNA COPIA DI QUELLO CHE HAI APPENA INCOLLATO):
- Cancella tutti i riferimenti a EF6
- Ottieni EF 5 da Nuget (apri una console NuGet e digita Install-Package EntityFramework -Version 5.0.0 )
- Rigenera le tue entità
- Assicurati di ottenere il
<DbProviderFactories>
e<providers>
sezioni proprio come hai tu.