La mia raccomandazione è di avere quattro tavoli. Una tabella dei dipendenti, una tabella del datore di lavoro, una tabella per mettere in relazione un dipendente con il datore di lavoro (che dice che un dipendente non può lavorare per due datori di lavoro) e infine una tabella per mettere in relazione un datore di lavoro con il proprio dipendente preferito.
EDIT:Sì, ovviamente possono esserci due relazioni tra le stesse due tabelle.