L'istruzione LIMIT di MariaDB porta più del limite

La tua query restituisce solo 1 riga, che è inferiore a 3500.

Se vuoi limitare il numero di righe che vengono conteggiate, devi inserirlo in una sottoquery.

SELECT COUNT(*)
FROM (
    SELECT 1
    FROM registrations
    WHERE selectedtime IS NULL AND expirationtime < NOW()
    LIMIT 3500) AS x