Mysql
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cronjob che legge da un database e scrive su un altro

In breve, no. Lo script SQL ti fornirebbe semplicemente i comandi da eseguire sul server del database. Hai ancora bisogno di qualcosa per stabilire connessioni al server. SQL non lo farà per te, non è per questo che è pensato SQL.

Dovrai usare un client, mysql/python o qualunque cosa ti si addice. Ti consiglierei di non complicare le cose inutilmente. Quello che stai facendo in questo momento sembra a posto.