Il tuo problema è più che probabile che alcune distribuzioni Linux abbiano php.ini diversi per Apache PHP e PHP-CLI, sembra che il tuo PHP-CLI (che utilizzerà il cake baker) non abbia le funzioni mysql_* abilitate.
Per risolvere, dovrai individuare php.ini per la CLI PHP e decommentare la riga che include mysql_* lib. dovrebbe essere qualcosa come "extension=mysql.so". Per trovare la posizione di php.ini, esegui php -r 'phpinfo();' sulla riga di comando e scorri verso l'alto per vedere la posizione di php.ini.
