Hai provato a utilizzare innobackupex
sceneggiatura? Consente di eseguire il database vivente (backup a caldo) e il backup finale di tar|gzip in modo da poter ottenere un file più piccolo. Funziona solo con file_per_table=1
Se hai tempi di inattività per spostare il database, puoi anche provare a ottimizzare le tabelle per recuperare spazio (soprattutto se hai eseguito molte eliminazioni).
Inoltre puoi pensare di sbarazzarti di alcuni dati:log, archivi ecc. e spostarli in un secondo momento.