Molte, molte cose possono causare questo errore . Nella mia esperienza di solito è un file SQL di oltre 1 MB o, il wait_timeout nei tuoi server my.cnf è impostato molto basso (sessanta secondi) deve essere regolato correttamente. Quando si distribuisce my.cnf, provare un wait_timeout 86400 e un max_allowed_packet di "abbastanza" per importare quel file.
Ad esempio:
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
PS. Non consiglierei parametri così elevati nella produzione effettiva.
