Se mysql_num_rows è uguale a ZERO NON funziona

Count restituirà un valore e non puoi contare e quindi chiamare mysql_num_rows. È l'uno o l'altro.

Potresti fare

$isExist = mysql_query("Select count(id) from ..."); 
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}

Se in alternativa puoi fare la query come:

$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}