La query per il calcolo della distanza ha bloccato il PostgresDB

per le prestazioni dovresti aggiungere questi indici

    create index idx1 on dots (site_id, dist_from_site,  geom);

    create index idx2 on sites (site_id, geom);

per il secondo aggiornamento prova ad aggiungere anche questo indice

 create index idx3 on dots ( geom, latitude, longitude);