Funzione SQL date_format non fa parte di JPQL, come direbbe tutta la documentazione, quindi non vedo il punto nel solo inserire SQL in JPQL e aspettarti che funzioni.
Quello che puoi fare con JPA 2.1 è invocarlo come segue
function("date_format", s.date, '%Y, %m, %d')
dove function è un modo per invocare qualsiasi funzione SQL nativa. Ciò significa chiaramente che perdi l'indipendenza dal database perché quella funzione non è valida su tutti i datastore.
