Come sapere quante query MySQL ha eseguito uno script php?

Fondamentalmente puoi creare una funzione di gestione per le tue query MySQL, come:

$mysql_queries_count = 0;
$mysql_queries_time = 0;

function _mysql_query($query) {
    global $mysql_queries_count, $mysql_queries_time;

    $start = microtime(true);
    $result = mysql_query($query);
    $mysql_queries_time += microtime(true) - $start;
    $mysql_queries_count++;

    return $result;
}

In questo modo, dovrai sostituire tutti i mysql_query( nel tuo codice con _mysql_query( , che è facilmente realizzabile nella maggior parte degli editor di testo.