Devi impostare una particolare collation sul tuo schema in modo che MySQL sappia quali caratteri dovrebbero essere equivalenti. Il fatto che una lettera con un segno diacritico sia considerata uguale a una senza o da qualche altra sequenza di caratteri dipende dalla lingua, ma prova utf8_general_ci come punto di partenza per ignorare gli accenti (supponendo che tu stia utilizzando un set di caratteri UTF-8, che dovrebbe essere davvero).
Prova a utilizzare le stesse regole di confronto su tutte le tue stringhe, in modo che possano essere unite e confrontate senza costose conversioni che rompono l'indice.