Controlla se la colonna esiste, in caso contrario, aggiungi MySQL tramite PHP

Puoi cambiare il tuo SQL in...

//THIS IS BETTER BUT DONT USE THIS
$qry = "ALTER IGNORE TABLE {$table} ADD {$column} VARCHAR(20);"

Invece usa PHP PDO o MySQLi con istruzioni preparate. Invece di quell'orrore legacy con stringhe concatenate senza escape.

Soluzione MySQLi:

$mysqli = new mysqli($cfg->host, $cfg->user, $cfg->password, $cfg->db);

if ($mysqli->connect_errno) {
    echo 'Connect failed: ', $mysqli->connect_error, '" }';
    exit();
}

if ($stmt = $mysqli->prepare("ALTER IGNORE TABLE ? ADD ? VARCHAR(20);")) {
    $stmt->bind_param("ss", $table, $column);
    $stmt->execute();
    $stmt->close();
}
$mysqli->close();