Se i dati si trovano nella cartella corretta, saranno visibili in MySQL o riceverai errori all'avvio del server. Controlla /var/log/messages
e il tuo log degli errori MySQL (come definito nella tua configurazione).
Se non ricevi alcun errore e non riesci a vedere i dati, è probabile che il percorso dei dati in my.cnf
punta a un'altra cartella.