Puoi utilizzare JDBC - il mezzo standard per far dialogare Java con i database. Avrai bisogno dell'appropriato MySQL JDBC autista. Apache DbUtils fornisce alcune classi di utilità relative a JDBC e sarebbe utile.
Se desideri un'API di livello superiore che elimini parte del boilerplate, dai un'occhiata a Integrazione JDBC di Spring .
Se desideri un ORM (mappatura relazionale degli oggetti), allora Iberna è una buona scelta.
Li ho usati tutti e tre in Scala con successo.