Ho avuto questo problema prima. La proprietà ConnectTimeout si applica solo ai timeout che si verificano durante la connessione al database, non alle query.
CommandTimeout tuttavia specifica per quanto tempo deve attendere la restituzione della query. Credo che l'impostazione predefinita sia 30 secondi. Ricontrolla la documentazione per la tua libreria MySql, ma per SqlCommand CommandTimeout è in secondi e non in millisecondi.
