La documentazione di peewee ha parlato di questo problema, ecco il link:Errore 2006:il server MySQL è andato via
Quindi hai dei problemi nella gestione della connessione al database.
Dal momento che non riesco a riprodurre il tuo problema, potresti provare questo, chiudere il database in questo modo:
@app.teardown_appcontext
def close_database(error):
db.close()
E potresti ottenere alcune informazioni dal documento:Fase 3:Connessioni al database