Per quanto ne so - una volta che avresti fatto il passaggio per utilizzare Firebase (quindi, porteresti tutti i tuoi dati esistenti su Firebase), quindi tutte le ulteriori comunicazioni sarebbero con Firebase stesso - non avresti più bisogno del tuo database MySQL.
Inoltre, non dovresti più utilizzare i tuoi script PHP perché puoi eseguire tutte le manipolazioni con Firebase tramite i tuoi controller in Angular.