Potresti provare a utilizzare un database basato su colonne. Questi tipi di database sono molto migliori per le query analitiche del tipo che stai descrivendo. Ci sono diverse opzioni:
http://en.wikipedia.org/wiki/Column-oriented_DBMS
Abbiamo avuto una buona esperienza con InfiniDB:
e anche Infobright ha un bell'aspetto:
Sia InfiniDB che Infobright hanno edizioni community open source gratuite, quindi consiglierei di usarle per ottenere alcuni benchmark sui tipi di vantaggi in termini di prestazioni che potresti ottenere.
Potresti anche provare a partizionare i tuoi dati per migliorare le prestazioni.
