Non hai bisogno di clausole ON in JPA, perché il JPA sa già come vengono associate le entità grazie alle annotazioni di mappatura.
Inoltre, stai selezionando application , che non è un alias definito nella tua query.
E i tuoi join non hanno senso.
La query dovrebbe essere semplicemente
select application FROM Application a
join a.customer c
join c.users u
where u.id = :userId
Leggi la documentazione di Hibernate per capire come funzionano HQL e join.
