Questo perché anche l'indice che hai creato occupa spazio. Nel caso di un indice cluster in InnoDB, i dati della riga sono effettivamente archiviati all'interno dei nodi foglia dell'indice, quindi quando viene utilizzato l'indice l'indice non punta alla riga ma punta invece al nodo foglia dell'indice che contiene i dati della riga lungo con la PKEY.
Ciò ha fatto sì che lo spazio di archiviazione fosse molto più grande.