Puoi usare
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 0
per disattivare la registrazione e
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 1
per riaccenderlo. Il mio consiglio personale è di racchiudere la query offensiva con questi piuttosto che impostarla a livello globale in modo da poter tenere traccia se anche altre query causano il problema.
Nota che le versioni precedenti di MySQL non lo supportano.