JSON formattato personalizzato da MYSQL PDO per l'uso in NVD3.js

Devi creare un nuovo array con questa struttura prima di codificarlo come oggetto json. Questo farebbe il lavoro (il tuo nuovo array formattato è in $new_array, quindi puoi solo codificarlo in json):

$new_array = array();
foreach($pdo_response as $bf) {
            if(empty($new_array[$bf['volume_name']])) {
                    $new_array[$bf['volume_name']] = array("key" => $bf['volume_name'], "values" => array());
            }
    $new_array[$bf['volume_name']]['values'][] = array("x" => $bf['recoreded'], "y" => $bf['volume_files_used']);
}

Usa array_values() se vuoi i tasti numerici (0 - ....) per la prima dimensione.