Scaricare l'intero database e caricarlo con le modifiche probabilmente non avrà senso per motivi di prestazioni (e sicurezza).
Quello che di solito si fa è configurare un'API in PHP o qualche altro linguaggio lato server che può essere chiamato dalla tua app iOS e fa le operazioni per te.
Non ho esperienza con loro, quindi non posso giudicare la loro completezza e robustezza, ma ci sono API PHP già pronte che traducono le operazioni MySQL in operazioni REST come phprestsql . Forse è qualcosa per te; tuttavia tieni presente che devi sempre risolvere il problema dell'autenticazione. Se disponi di un'API con accesso in scrittura (o accesso in lettura a materiali sensibili), dovrai fare qualcosa per impedire a tutti su Internet di accedere a quell'URL.
Modifica: se si tratta solo di eseguire il polling di un insieme definito di dati, potrebbe essere più semplice utilizzare uno script PHP standard "interroga una tabella e genera materiale in un ciclo" (preferibilmente utilizzando PDO) e restituendo un json_encode()
d risultato.