Mysql:variabile sconosciuta, non può eseguire nessuna applicazione mysql, non sembra avere a che fare con my.cnf

supponendo che il tuo buon file di configurazione sia /etc/my.cnf (che potrebbe non esserlo), modifica il tuo file mysql init e aggiungi --init-file /etc/my.cnf al comando mysqld per assicurarti che stia effettivamente leggendo dal file init da cui pensi stia leggendo.