Se esegui una tabella UPDATE LOW_PRIORITY table ... ti assicurerai che esegua il tuo aggiornamento solo quando non sta facendo nient'altro. Oltre a ciò, non credo che ci siano molte opzioni all'interno di MySQL.
Inoltre, sta causando problemi ora o stai semplicemente ottimizzando qualcosa che non è un problema? Personalmente, se dovessi aggiornare in batch come questi, inserirei semplicemente tutti gli ID in memcached e userei un cronjob per aggiornare ogni 5 minuti.
