Usa IN.
IN utilizzerà un indice.
O (afaik) non utilizzerà un indice.
Inoltre, e questo punto non è da starnutire, la versione IN:
- utilizza meno codice
- è più facile da mantenere
- è più facile da capire
Solo per questi motivi sarei pronto a subire un po' di prestazioni per ottenere la qualità del codice, ma in realtà guadagni anche le prestazioni.