Sono riuscito a eseguire il backup e il ripristino dei BLOB utilizzando il seguente comando mysqldump:
mysqldump --opt --skip-extended-insert --max_allowed_packet=128M -u root myDB > filename
Non sono sicuro se sta specificando max_allowed_packet
sulla riga di comando o su skip-extended-insert
questo ha funzionato.
Ho pensato che il mio max_allowed_packet
di 32M veniva utilizzato, ma penso che nel file di configurazione di mysql sia nella sezione [mysqld] e quindi probabilmente non si applica al dump.
Continuo a non capire perché non ho riscontrato errori né nel dump né nel ripristino.