Mysql
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La query di selezione semplice di MySQL è lenta

Con 110 milioni di record, non riesco a immaginare che ci siano molte voci con l'ID traccia in questione. Avrei indici come

(trackID1, sim )
(trackID2, sim )
(tracksimID, sim)

ed esegui una PREQUERY tramite unione e unisciti a quel risultato

select STRAIGHT_JOIN
      TS2.*
   from
      ( select ts.tracksimID
           from tracksim ts
           where ts.trackID1 = 168123
             and ts.sim > 0.5
        UNION
        select ts.trackSimID
           from tracksim ts
           where ts.trackid2 = 168123
             and ts.sim > 0.5 
      ) PreQuery
      JOIN TrackSim TS2
         on PreQuery.TrackSimID = TS2.TrackSimID
   order by
      TS2.SIM DESC
   LIMIT 0, 100