PHP e MySQL sottraggono secondi dal tempo

Puoi farlo direttamente sul DB usando MySQL SUBTIME()

// from the manual
mysql> SELECT SUBTIME('2007-12-31 23:59:59.999999','1 1:1:1.000002');
        -> '2007-12-30 22:58:58.999997'

Oppure puoi ottenere il tempo da MySQL e farlo su PHP usando DateTime::sub()

 // again from the manual
 <?php 
 $dateA = date_sub('2000-01-20', date_interval_create_from_date_string('1 second')); 
 ?>