Dovrai semplicemente eseguire un ALTER su ciascuna delle tabelle come segue:
ALTER TABLE <table name> COLLATE utf8_general_ci;
Se hai anche bisogno di aggiornare la codifica dei caratteri esistente (improbabile per i suoni delle cose), puoi usare:
ALTER TABLE <table name> CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;