Penso che tu abbia già eseguito la migrazione denominata version_1.0001_initial prima di rinominare l'app in beta . Tutto ciò che serve è aggiornare i record del database nella tabella django_migrations e rinomina le vecchie migrazioni delle app con il nuovo nome usando questa istruzione SQL:
UPDATE django_migrations SET app = 'beta' WHERE app = 'version_1';