Ottieni i dati MySql e archiviali nell'array Javascript

while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
    $data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);

dovrebbe darti quello che stai cercando. quando costruisci i dati per json_encode usa semplicemente i tipi php nativi invece di json, lascia che json_encode se ne occupi