Nel mio caso, questo errore è apparso specificamente con vuoto valori geometrici in una colonna geometrica non nulla.
Nel mio caso, le geometrie vuote erano casi legittimi di geometria sconosciuta, quindi ho risolto il problema modificando la colonna per consentire valori nulli e quindi eseguendo UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);
Successivamente, sono stato in grado di eseguire nuovamente mysqldump e importare correttamente lo sql risultante in un database separato.
(Ad essere onesti, in primo luogo non sono sicuro di come siano arrivati i valori della geometria vuota:non conosco nemmeno la sintassi per creare un valore della geometria vuota)
