Il mio codice ha iniziato ad avere questo problema esatto dopo aver eseguito un aggiornamento del pacchetto a livello di sistema il 29/03/2017 per la prima volta dal 1/2/2017.
Guardando il controllo delle versioni per RMySQL, pubblicato RMySQL_0.10.9.tar.gz 2016-05-08 15:39RMySQL_0.10.10.tar.gz pubblicato 2017-03-21 07:50
Ho ripristinato la mia versione alla 0.10.9 e il problema è scomparso:
require(devtools)
install_version("RMySQL", version = "0.10.9", repos = "http://cran.us.r-project.org")
Ho pubblicato il tuo problema nella pagina dei bug di RMySQL, quindi vedremo se lo risolvono