Il livello di isolamento predefinito per MySQL è "REAPEATABLE READ", ciò significa che se non stai utilizzando autocommit nel tuo strumento di query, non vedrai i dati confermati da altre transazioni a meno che tu non concluda la tua transazione emettendo un COMMIT o un ROLLBACK.
Anche il fatto che tu possa vedere i dati dopo aver creato una nuova connessione punta in quella direzione.
Quindi hai due opzioni
- cambia il livello di isolamento per le tue connessioni "query" in "READ COMMITTED"
- emetti un COMMIT (o ROLLBACK) nel tuo strumento di query prima di eseguire SELECT